超声内镜是将超声波探头微型化并安置在内镜的前端，当内镜进入体腔后，通过内镜直接观察腔内形态，同时又可进行内镜可视部位的超声检查，以获得管道壁层次的组织学特征及周围邻近脏器的超声图像，由于插入的超声探头接近病变，缩短声路而降低声衰减，故可采用高频技术。可明显提高图像分辨率，以发现细小病灶，这些性能在常规超声检查中是无法达到的。
超声内镜由内镜系统和超声系统组成。根据临床应用的不同，可分为环行扫描超声内镜、引导穿刺专用超声内镜以及超声微探头。环行扫描超声内镜是指超声内镜扫描时扫描图像以内镜前端为圆心，在垂直于镜身的方向上做3600环行扫描，能清晰地显示消化道管壁的各层结构，适合大范围的检查。穿刺专用超声内镜是指有线阵扫描及扇型扫描两种方式，扫描平面均与镜身平行，且穿刺针能在超声视野中得到显示，便于实时监测。超声微探头是指应用超声微探头可在内镜检查中随时检查，不必更换内镜，减少了患者的痛苦和检查时间。
利用超声内镜可以确定消化道粘膜下肿瘤的起源与性质、判断消化系肿瘤的侵犯深度及外科手术切除的可能性。超声内镜可紧贴胃壁或十二指肠壁进行扫描，与胰腺、胆道仅一壁之隔，可清晰的显示全部胰腺组织、胆管全长及胆囊。对于发现胰腺小的肿瘤、胆管末端肿瘤或十二指肠乳头部肿瘤有不可替代的作用。对于超声内镜诊断胰腺、胆道肿瘤浸润大血管或周围重要脏器的可靠性较高，可避免不必要的开腹手术探查。目前所有的诊断慢性胰腺炎的实验室检查或影像学检查都难以判断早期胰腺炎，尚无诊断慢性胰腺炎的金标准。超声内镜可清晰的显示胰腺的实质结构和胰管的细小改变，如胰腺实质内高回声、腺体呈小叶样结构、囊性变、钙化，胰管扩张、胰管结石等征象。超声内镜是诊断慢性胰腺炎的敏感工具。
利用超声内镜开展的手术：胰腺假性囊肿置管引流术治疗胰腺假性囊肿；腹腔神经结阻滞术治疗失去外科手术机会的胰腺癌和慢性胰腺炎引起的顽固性腹痛；注射无水酒精治疗胰腺囊肿和胰岛素瘤等；超声内镜引导下胆管引流、胰管引流治疗梗阻性黄疸、胰腺炎等疾病；建立胃肠道与邻近器官的交通通路；放疗粒子的置入近距离放疗治疗胰腺癌等等。