胆总管结石分为两种类型，即原发性胆总管结石和继发性胆总管结石。原发性胆总管结石指原发于肝外胆管的结石，胆囊内不一定存有结石。继发性胆总管结石是胆囊内结石排入胆总管内，其结石的形状和性质多与胆囊内结石相同。无论是原发还是继发胆总管结石所引起的病理变化主要取决于结石所造成的胆管梗阻程度，以及有无继发性感染的发生。
⑴重症胆管炎：这是胆总管结石最严重的并发症，其表现为发热、腹痛、黄疸( 俗称三联征)，重者可出现休克，精神症状(俗称五联征)。此时若未得到及时有效的治疗，将危及生命。
⑵胆源性胰腺炎：若胆总管结石嵌顿在胆总管下段(壶腹部)或阻塞于十二指肠乳头部，均可能导致胆汁返流入腺管，继发急性胰腺炎，该并发症也是十分危重的并发症之一，胆囊内的细小结石是引起这种并发症的主要原因，因此胆囊内的小结石更需积极手术治疗。
⑶胆道出血：结石反复损伤胆管壁粘膜引起出血，严重者损伤胆管壁周围相邻的血管形成假性动脉瘤，与胆管壁相通而发生大出血。
⑷胆汁性肝硬化：胆总管结石可引起胆道反复梗阻和感染，若未及时治疗，可造成肝细胞持续性损害，肝细胞变性、坏死，胆管周围有纤维组织增生，最后形成胆汁性肝硬化。
⑸消化道胆瘘：当结石反复损伤胆管壁，侵蚀穿透胆管壁及相邻胃肠时，便形成消化道胆瘘，当形成消化道胆瘘后，胆总管结石可能排入肠道，梗阻解除，但胃肠内液及食物易返流进入胆总管，增加胆管炎发作和结石增大的机会。